分子动力学

分子动力学方法是一种计算机模拟实验方法，是研究凝聚态系统的有力工具。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。广泛应用于材料科学、生物物理和药物设计等。

适合的研究方向包括但不限于:生物，生化，医药，医学，药物，高分子，食品，材料，环境等

可以计算的体系包括但不限于:生物体系，蛋白质，核酸，多肽，药物分子，聚合物，小分子等

可以计算的内容包括但不限于:

1、蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模等

2、分子对接，如蛋白质-小分子、核酸-小分子、小分子-小分子、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、蛋白-核酸等

3、生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化等3、

4、动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析、材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等

5、动力学后数据分析，如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

6、药物相关模拟，如药物行牛物库设计、虚拟选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等